等到姚宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁熊廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使熊廷弼去职不可。御史顾慥首先起来，弹劾熊廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
明光宗驾崩，明熹宗即位，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇帝的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。明熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，熊廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。熊廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官，给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许熊廷弼去职，用袁应泰接替了他。
熊廷弼于是上书请求派人来调查，冯三元、魏应嘉、张修德等又连章极论熊廷弼的过失，熊廷弼就请派他三个来核实，明熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等朱童蒙回来上奏，全面陈述了熊廷弼的功绩，最后说：“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”明熹宗因为熊廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，袁应泰自杀，辽河以东全部沦为后金所有。此时，朝廷里大臣们又想起了廷弼，给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一燝。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊，刘一燝说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙熊廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。明熹宗于是对过去弹劾熊廷弼的人加以治罪，冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩各贬三级，除掉了姚宗文的官籍，御史刘廷宣论救，也被罢免。于是，又下达诏书从家里起用熊廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
熊廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，明熹宗不同意，又提出分三方布置的策略：“广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。”明熹宗都予以批准。熊廷弼启程时，明熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇，又派用五千名京营选锋护送他赴任。
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袁应泰死了，由薛国用代为经略，薛国用因病不能干事，王化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，熊廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了，敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，明熹宗下诏表扬了他。
恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，王化贞的建议就此作罢了，而王化贞因为自己的计策未被采纳，把军事全推托在熊廷弼身上。熊廷弼于是请朝廷警告王化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，王化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快，熊廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此，王化贞与熊廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
熊廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜，请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。明熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。梁之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，明熹宗也都同意了，梁之垣正在和有关部门商议兵饷的事，王化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应毛文龙，王化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由熊廷弼在中间调度，命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。
不久，王化贞上书详述东西两边的情况说：“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。”兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好王化贞又飞章上奏说：“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”于是，兵部越发催促进兵，王化贞就在这个月里渡过河去，熊廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动，王化贞终于无功而回。
王化贞平素不学习军事，轻视大敌，好说大话，文武将吏的规劝一点也听不进去，与熊廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降后金的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书张鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此熊廷弼无法实现自己的心愿，广宁有十四万部队，而熊廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，熊廷弼请把主帅杜文焕治罪，张鹤鸣却让宽恕了他，熊廷弼奏请任用佟卜年，张鹤鸣递上奏章反对。熊廷弼奏请派遣梁之垣去朝鲜，张鹤鸣故意扣发他的饷银，于是两人之间相互怨恨，事事争吵，熊廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。
毛文龙镇江之捷，王化贞自以为立了奇功，熊廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞，朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。熊廷弼又明显地攻击张鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”张鹤鸣这下更加恼恨他了，王化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵，熊廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来，蒙古军队终于没来，王化贞也不敢进兵了。