1566年，阿克巴迁都阿格拉。1584年，阿克巴又将首都迁移至拉合尔。1601至1658年，阿格拉再次成为首都。

1556年阿克巴即位后进入全盛时期，这一时期莫卧儿帝国内部实行文化融合和宗教宽容政策。

莫卧儿帝国上层建筑是穆斯林，而基础则是印度教，波斯语是宫廷、公众事务、外交、文学和上流社会的语言。

1605年，贾汗吉尔继位。贾汗吉尔残酷易暴，贪图享乐，酗酒如命。

贾汗吉尔封妩媚的努尔·贾汗为皇后 ，导致外戚专权、宫廷内讧。

1627年，贾汗吉尔在克什米尔平定外戚叛乱后，病故在回京的途中。

1628年，其子沙贾汗在阿格拉称帝。沙贾汗曾于1622年起兵企图夺取其父的王位，兵败后颠沛流离达7年之久。

沙贾汗加强中央集权，扩建军队，平定印度南部德干高原的叛乱，任命其子奥朗则布为德干总督。1636年，吞并艾哈迈德纳格尔，迫使戈尔孔达和比杰伊布尔地区统治者称臣纳贡。

沙贾汗与波斯萨法维帝国为争夺阿富汗，进行了长期战争，反复拉锯。

1638年，沙贾汗派重兵迫使波斯坎大哈总督阿里·马尔丹汗投降。1646年，占领巴达赫尚和巴尔赫。

1650年，萨法维王朝夺取坎大哈。

双方势力达到平衡，萨法维王朝满足于守住阿富汗的西部，莫卧儿帝国满足于守住阿富汗的东部，双方都没有力量将对方赶出去。两国的争夺才宣告结束。

沙贾汗统治时期，莫卧儿帝国空前强大。

1657年，沙贾汗被其子奥朗则布推翻。

奥朗则布是莫卧儿帝国最重要也最具争议的皇帝。他放弃了阿克巴时代的宗教宽容政策，加强伊斯兰教的宗教地位，企图使印度完全伊斯兰化。

奥朗则布在位时，莫卧儿帝国的疆域扩张到最大限度。

除了南亚次大陆的南端和马拉塔王国以外，领土囊括整个南亚次大陆以及阿富汗等地，面积约450平方公里。

17世纪初，莫卧儿帝国人口已经达到1亿，绝对是当时的超级大国。

1707年，奥朗则布去世后，继位的皇帝大都昏庸无能，莫卧儿帝国陷于分裂。马拉塔人愈战愈强，大有取而代之的趋势。英国殖民者也开始加紧侵略印度。

1849年，莫卧儿帝国沦为英国殖民地，莫卧儿皇帝沦为傀儡。1858年，英国维多利亚女王被授予印度女皇称号，成立英属印度，莫卧儿帝国灭亡。