在黑轩的指挥下，联盟舰队逐渐稳住了阵脚，开始对生物战舰展开反击。经过一番激烈的战斗，生物战舰终于被击退。

舰队继续前行，终于来到了神秘组织的核心基地。这座基地巨大无比，周围环绕着强大的能量护盾和各种防御设施。

“这是最后的决战了。”黑轩说道。

林风握紧了拳头：“让我们一起为了胜利而战！”

联盟舰队对核心基地发起了最后的攻击，强大的能量光束不断地轰击着基地的护盾。在持续的攻击下，护盾终于出现了裂缝。

“就是现在，冲进去！”黑轩下令道。

联盟舰队的战舰纷纷冲进了基地，与敌人展开了最后的殊死搏斗。

在基地内部，黑轩等人发现了神秘组织的终极秘密。原来，他们一直在进行一项名为“宇宙主宰计划”的阴谋，试图利用一种强大的能量源控制整个宇宙的秩序。

“绝不能让他们得逞！”黑轩愤怒地说道。

在激烈的战斗中，黑轩等人终于找到了能量源的控制装置，并成功地将其摧毁。随着能量源的失控，整个基地陷入了一片混乱。

神秘组织的成员们四处逃窜，但联盟舰队并没有放过他们，将他们一一消灭。

经过艰苦的战斗，联盟舰队终于彻底摧毁了神秘组织的核心基地，结束了这场威胁宇宙和平的阴谋。

“我们胜利了！”战士们欢呼雀跃。

黑轩看着一片狼藉的战场，心中感慨万千：“但我们不能放松警惕，宇宙的和平需要我们一直守护。”

联盟舰队带着胜利的荣耀，踏上了归程。他们的名字将永远铭刻在宇宙的历史中，成为和平与正义的象征。