旌旗蔽江，无数战船逆流而上。

桓玄闻报刘裕沿江而来，不由大惊，急忙分兵派将，一面令水军顺流而下迎敌，一面自率步骑，自江陵迎击。

五月十七日，两军于峥嵘洲相遇，展开大战。当时桓玄军占据兵力优势，且恃上凌下，本应辗压对方；但因军无战心，故在刘毅进攻下迅速溃败。

桓玄叹道：果不出我所料耶！

遂令焚毁辎重乘夜逃走，步兵都督郭铨向刘毅投降。桓玄于是败回江陵，命令收拾金银珠宝数十车辆，再挟晋安帝西走。

部将冯该拦住马头，力劝桓玄整兵再战。

桓玄不肯，欲投奔梁州刺史桓希。当时人心已离，桓玄只与心腹数百人出发。

车驾到城门之时，随行中人有欲暗杀桓玄，但射之未中，于是彼此厮杀，乱作一团。桓玄乃奉安帝司马德宗，太后何法倪及皇后王神爱车驾，勉强登船。

此时环顾左右，身边大臣只有卞范之及屯骑校尉毛修之，引数百禁军，跟随在侧。

桓玄欲到梁州治所汉中，毛修之诱使入蜀，桓玄只得听从，于是溯江而上。

当时正值宁州刺史毛璠去世，益州刺史毛璩派侄孙毛佑之及参军费恬等，领数百人送毛璠灵柩至江陵，于五月二十六日在江陵城西枚回洲与桓玄相遇。

二人痛恨当初桓温攻灭蜀国，此时闻说是桓玄到来，又见其落单，岂有不痛打落水狗之理？于是进攻桓玄，箭矢如雨，桓玄宠臣丁仙期、万盖等为桓玄挡箭而死。

益州督护冯迁跳上桓玄坐船，抽刀向前。

桓玄急拔下头上玉饰递给冯迁，令其观看，并威吓道：此乃御用之物也。你是甚么人，竟敢弑杀天子？

冯迁一掌将其头饰击落入水，说道：搞笑至极！我只杀天子叛贼，此处何有天子！

再复一刀，将桓玄剁翻，跌入江中。桓玄遂被杀害，享年三十六岁。

冯迁等便奉毛璠灵柩东还江陵，置其部从余人不问，更不知晋安帝便在江中船上。

桓玄从弟桓谦闻其兄被杀凶信，便在舟中为兄举哀，上谥号为武悼皇帝。桓玄首级则被毛佑之等传至建康，挂于城头大桁之上示众。

百姓看见之后无不欣喜，奔走相告，如同元宵观灯盛况。

当初穆帝皇后何法倪及安帝皇后王神爱被桓玄弃于巴陵，殷仲文当时以收集散卒为名，将二后移驻别船，并趁机背叛桓玄，迎请二后回于建康。

刘裕闻报桓玄已死，遂引兵还于建康，设立留台，总率百官商议，奉迎乘舆，收桓玄宗族在于建康者，尽行剿灭诛杀。

于是命尚书王暇率百官西至江陵，奉迎晋安帝乘舆，王暇欣然领命西往。司徒王谧与众臣商议，欲推刘裕领扬州牧，刘裕固辞不肯受，乃以王谧录尚书事，领扬州刺史。

刘裕自为镇军将军，都督三吴八州诸军事，徐州刺史，领军将军。又以刘穆之为堂邑太守，总诸京师政务，尽皆委任之。

刘穆之亦竭节尽诚，无所遗隐。当时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，其时刘穆之斟酌时宜，随方矫正。

刘裕以身垂范，威禁内外，百官皆肃然奉职，不盈旬日而建康风俗顿时改恶为美。

当初王谧为桓玄佐命元勋，曾亲手逼晋帝玺绶以授桓玄。及桓玄败亡，众皆议诛之，惟刘裕独力使其保全。

诸葛长民至豫州，因失期未及发兵，被桓玄部将刁逵擒获。槛车未至，而桓玄败亡。监送军士遂放出葛长民，还趋于历阳。

刁逵乃弃城而走，被部将捆送建康。刘裕下令斩于石头城，子侄亦皆诛杀。

刘裕即克建康，复念刘牢之往日恩情，乃使人前往洛阳，召刘敬宣回来。

刘敬宣素晓天文星相，在洛阳见天象垂现，便知必有兴复晋室者出，尝告于家人道：桓玄必死，我等可归乡也。

这日夜间，又梦见自己搓土成丸服之。梦醒而大喜道：夫丸者，桓也。桓既被我吞服，则我当复归本土耶！

恰好建康使者至，对刘敬宣说道：刘裕已灭桓玄，今命我召公回去。

刘敬宣遂与家人驰还建康，入见刘裕。

刘裕大喜，以刘敬宣为武冈县侯，问道：我与刘毅共复晋室，卿谓我二人谁为雄杰？

刘敬宣笑道：明公天资英迈，赏罚严明，仁德兼备，实乃不世英雄，毅公何能及焉？况刘毅外宽而内忌，自伐而满，若一旦与明公为敌，当曰陵上取祸，非可与明公同日共语。

刘裕闻其言大喜，由此而愈加自重。

镜头转换，按下刘裕，复说晋帝。

当冯迁杀桓玄之时，晋尚书王暇与晋文帝乘于别船，见冯迁行凶而去，于是率百官保护晋帝司马德宗，复至江陵。

桓谦及桓振等初时兵败逃窜，闻桓玄已死，复袭取江陵，杀北府军守将王康产。桓振见晋文帝与百官皆处宫中，便欲弑杀皇帝，以为桓玄报仇。

桓谦谏止道：刘裕之乱，与皇帝何干？若杀天子，则不容于天下，不如暂且囚禁。

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桓振从之，乃为桓玄举哀发丧。

便在此时，何无忌与刘道规引北府兵至。桓谦出城迎敌，大败回城。桓振大怒，亲率兵出战，战于灵溪，何无忌败归浔阳。

刘敬宣在浔阳接应，进军夏口。

桓振遣部将冯该守住长江东岸，孟山图据住鲁山城，桓仙客守偃月垒，水陆相援。

刘敬宣与何无忌见桓振如此而排，于是商量已定，以分兵夜袭之计，将三处壁垒悉数攻拔，并生擒孟山图与桓仙客。

幸亏冯该见机跑得快，率残部走奔石头城去讫。

晋义熙元年正月，南阳太守鲁宗之奉刘裕之命，引本部兵来袭襄阳。

襄阳守将桓蔚大惧，弃城奔走江陵。

北府将领刘毅引军至马头，桓振恐不能守，遂挟晋安帝出屯江津，遣使来见刘毅，求割江、荆二州以降，愿送天子还于建康，刘毅不许。

适逢鲁宗之追击桓蔚至江陵，进屯纪南。桓振遂留桓谦与冯该守江陵，自引兵五千来战鲁宗之。刘毅趁桓振出战鲁宗之，趁机大破冯该于豫章口，桓谦闻知弃城而走。

刘毅遂大驱三军进入江陵，执卞范之等桓玄诸臣，尽行诛杀。

桓振大破鲁宗之，胜利凯旋，但知江陵城陷，其众皆溃，于是只得引残部逃于殒川。

刘毅既占江陵，终于解救出晋安帝，奉驾欲还建康。

晋帝诏命朝中大事皆委于刘毅处分，封为冠军将军，大赦改元，惟桓氏不赦。因桓冲靖忠王室有功，诏命特赦宥其孙桓胤，徙于新安。以鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，督梁、益等五州军事，弟毛瑾为梁、秦刺史，毛瑗为宁州刺史。

桓谦走投无路，降于秦帝姚兴。

二月，留台百官备法驾迎晋安帝于江陵。刘毅与刘道规二人屯兵于夏口，以防备诸桓复来，使何无忌保晋安帝东还。

晋安帝至于建康。百官诣阙待罪，晋帝皆令官复原职。

尚书殷仲文奉帝升殿，遂以琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太何，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。

复欲加刘裕录尚书事，刘裕固辞不受，而请归京口藩镇。

当初刘毅未得志之时，曾为刘敬宣部下参军，时人或以当世雄杰以许之。

刘敬宣道：此君外宽而内忌，自伐而矜人，若一旦得志，必当陵上取祸。

有人却将此言告知刘毅。此时刘毅既以救驾之功被封为冠军将军，犹且怀恨刘敬宣当初所说前言。又闻刘敬宣被封江州刺史，尤为忌恨。

乃使人进言于刘裕：刘敬宣未预复兴之谋，授予州郡已然为过，况使为江州之主乎！

刘敬宣亦闻其奏，由是甚不自安，便遣人来见刘裕，自请解职归田。刘裕不欲其与刘毅构隙，乃召还刘敬宣，使为宣城内史。

当时朝廷新定，风闻卢循欲为谋乱，刘裕未暇征讨，便与百官商议。朝中文武厌倦征战，皆赞成招安，于是朝廷诏命卢循为广州刺史，任其部将徐道覆为始兴相。

诏命下达，诸将皆劝卢循接受朝廷诏命。于是卢循贡献朝廷，且赠刘裕以益智粽。

刘裕见其所赠，笑谓诸将：其欲我益智，是笑我无能也。

于是使人回赠以续命汤，意谓嘲其命短。卢循却不知其中之意，犹疑不定。

卢循即受诏命为广州刺史，乃引兵南下，攻陷番禺，擒执原广州刺史吴隐之。卢循欲自用之，却接刘裕来书，令其将吴隐之解送还京。卢循览书，欲不听从。

长史王诞谏道：当初汉末三国之时，孙伯符岂不欲留华子鱼耶？因魏武帝曹操相召，不得不从，以一境不容二君故耳。

卢循闻而方悟，于是遣吴隐之还于建康，归见刘裕。

又说益州刺史毛璩，闻桓振攻陷江陵，率众三万顺流而下，欲亲往征讨。乃使其弟毛瑗兵出外水，参军谯纵兵出涪水。

副将侯晖有反叛之心，借口梁州人不愿东下，与巴西人阳昧勾结谋划，在五城水口率部哗变，并迫谯纵为盟主。

谯纵不肯听从，纵身投江。侯晖将其救起，再三请求，以兵器逼迫谯纵坐于车驾回军，在涪城袭击毛璩弟西夷校尉毛瑾，并杀之。

谯纵此时骑上虎背，难得下来，便自称梁、秦二州刺史。